党政管理部门
| 1 | 开元游戏app手机版登录办公室 |
| 2 | 纪委（监察专员办公室）综合办公室 |
| 3 | 开元游戏app手机版登录组织部（老干部办公室、党校） |
| 4 | |
| 5 | 开元游戏app手机版登录宣传部（校史馆、新闻开元游戏app手机版登录） |
| 6 | |
| 7 | |
| 8 | |
| 9 | 开元游戏app手机版登录开元游戏app手机版登录工作部（研究生工作部、武装部） |
| 10 | |
| 11 | 工会 |
| 12 | |
| 13 | 团委 |
| 14 | |
| 15 | 保卫处 |
| 16 | 财务处 |
| 17 | 发展规划与质量管理处 |
| 18 | 国际交流处（港澳台办公室） |
| 19 | 教务处 |
| 20 | 基建处 |
| 21 | 科技处（科技研究发展部） |
| 22 | 留开元游戏app手机版登录管理办公室 |
| 23 | 人事处 |
| 24 | 审计处 |
| 25 | 校长办公室（信访办公室、法务办公室、校友联络处、开元游戏app手机版登录发展基金会办公室、非学历开元游戏app手机版登录管理办公室） |
| 26 | 开元游戏app手机版登录处（招生办公室、毕业生就业指导开元游戏app手机版登录） |
| 27 | 信息化办公室 |
| 28 | 研究生院（青岛研究院） |
| 29 | 资产与实验室管理处 |
| 30 | 采购与招投标管理开元游戏app手机版登录 |
其他直属机构
| 1 | 上海开元游戏app手机版登录资产经营有限开元游戏app手机版登录 |
| 2 | 后勤开元游戏app手机版登录 |
| 3 | 基础实验实训开元游戏app手机版登录 |
| 4 | 图书馆（档案馆） |
| 5 | 校医院 |
教学部门
| 1 | 商船开元游戏app手机版登录 |
| 2 | 交通运输开元游戏app手机版登录 |
| 3 | 经济管理开元游戏app手机版登录（亚洲邮轮开元游戏app手机版登录、上海高级国际航运开元游戏app手机版登录） |
| 4 | 物流工程开元游戏app手机版登录（中荷机电工程开元游戏app手机版登录） |
| 5 | 信息工程开元游戏app手机版登录 |
| 6 | 外国语开元游戏app手机版登录 |
| 7 | 理开元游戏app手机版登录 |
| 8 | 海洋科学与工程开元游戏app手机版登录 |
| 9 | 继续开元游戏app手机版登录开元游戏app手机版登录 |
| 10 | 高等技术开元游戏app手机版登录、上海港湾开元游戏app手机版登录 |
| 11 | 法开元游戏app手机版登录 |
| 12 | 徐悲鸿艺术开元游戏app手机版登录 |
| 13 | 马克思主义开元游戏app手机版登录 |
| 14 | 体育教学部 |
| 15 | 国际开元游戏app手机版登录开元游戏app手机版登录 |
科研部门
| 1 | 物流科学与工程研究院（航运技术与控制工程交通行业重点实验室、物流研究开元游戏app手机版登录、 电气自动化研究所、水运经济研究所、海洋文化研究所、海运情报网） |
| 2 | 海洋材料科学与工程研究院 |
